Heute Uni: Das Reformkloster Bischof Altmanns

Nach gut 900 Jahren kann das Nikolakloster auf eine sehr wechselvolle Geschichte zurückblicken. Seit der Gründung ist allein die Stiftskirche an ihrem Platz geblieben. Daß sie auffällig schräg in die Gebäudeachsen gestellt erscheint, liegt wohl an den mehrmaligen Umbauten.Nachdem das Prälatenkloster 1803 aufgelöst worden war, diente die Kirche bis 1959 als Magazin und Lagerhaus.

Die Armee Kaiser Napoleons beanspruchte 1806 den Klosterkomplex als Militärhospital. Unter dem Namen Nikolai-Kaserne (ab 1938 Somme-Kaserne) waren in den Gebäuden von 1809 bis 1945 bayerische Soldaten stationiert. Die kunstvoll gestalteten Prälaten- und Herren-Gärten wandelten sich damals zum Kleinen Exerzierplatz.

Nach dem Krieg wurden die Bauten als dichtbesetztes Flüchtlingslager gebraucht. Später erwarben die Deutschordensschwestern die Ost- und den Nordflügel als Mutterhaus und brachten darin das Provinzialat und die Fachakademie für Sozialpädagogik unter. Im Süd- und den Westflügeln hielt die 1972 gegründete Universität Einzug.  Die ehemalige Stiftskirche konnte erst 1960 nach langer, gründlicher Restaurierung wieder ihrem eigentlichen Zweck zugeführt, damit die Pfarrei St. Nikola restituiert werden. In dem Anfang des 18. Jahrhunderts barockisierten dreischiffigen Kirchenraum mit seinen Seitenkapellen sind noch gotische und romanische Bauteile erhalten. Der Innenraum ist mit 90 Freskobildern von Wolfgang Heindl ausgestattet. Chor, die älteste frühromanische Unterkirche Niederbayerns. Die mächtigen Kreuzgewölbe ruhen auf Wandpfeilern und auf einer granitenen Mittelsäule. In den Altarkonchen stehen das wohl älteste Marienwallfahrtsbild in Passau, die Steinmadonna von 1430 und der neue Opferaltar von Leopold Hafner aus dem Jahre 1978.